Los trastornos que afectan el esófago pueden ser congénitos (lo que significa que una persona nace con ellas) o adquiridos o no congénitos (lo que significa que una persona puede desarrollarlos después de nacer). Algunos ejemplos incluyen:
- La fístula traqueo-esofágica y atresia esofágica son ejemplos de enfermedades congénitas. La fístula traqueo-esofágica es una conexión entre el esófago y la tráquea, que en realidad no tendría que existir. En los bebés con atresia esofágica, el esófago llega a un punto muerto, en vez de conectarse con el estómago. Ambas enfermedades suelen ser detectadas poco después del nacimiento del bebé, a veces incluso antes. Para repararlas es necesario recurrir a la cirugía.
- La esofagitis, o inflamación del esófago, es un ejemplo de un trastorno no congénito. La esofagitis puede ser provocada por una infección o ciertos medicamentos. También puede ser provocada por el reflujo gastroesofágico, un trastorno en el que el esfínter esofágico (el tubo del músculo que conecta al esófago con el estómago) permite que el contenido ácido del estómago retroceda y vuelva al esófago. El reflujo gastroesofágico puede ser corregido mediante cambios en el estilo de vida, por ejemplo, modificando los tipos de alimentos que ingiere una persona. A veces, sin embargo, requiere tratamiento con medicamentos.

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